Il progetto Folding@home sta eseguendo milioni di simulazioni sul coronavirus mettendo i dati a disposizione della comunità scientifica grazie ad Amazon Web Services
Da quando Folding@home, un progetto che utilizza il calcolo distribuito per studiare l’origine di diverse malattie, tra cui il cancro, l’Ebola e l’Alzheimer – ha rivolto la sua attenzione al COVID-19 nel febbraio dello scorso anno, più di 200.000 persone in tutto il mondo hanno donato la loro capacità di calcolo per una causa importante come la pandemia da Covid – 19.
Scaricando il software Folding@home e lasciandolo lavorare in background sul proprio computer, chiunque, ovunque, può aiutare i ricercatori a eseguire simulazioni del comportamento delle proteine implicate nello sviluppo del virus da COVID-19.
Il risultato di questa collaborazione globale è la prima risorsa di calcolo largamente distribuita.
Un supercomputer in grado di fare un quintilione di calcoli al secondo, che sta generando set di dati di dimensioni senza precedenti, e che Folding@home sta mettendo a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo attraverso il Registro di Open Data su Amazon Web Services.
“Le nostre simulazioni sono essenzialmente un numero enorme di immagini di ciò a cui una proteina assomiglia”, afferma Greg Bowman, Direttore del progetto Folding@home. “Se avessimo solo 10 immagini, potremmo guardarle manualmente, confrontarle e fare delle considerazioni. Tuttavia, abbiamo centinaia di milioni di immagini. L’enorme quantità di dati e la nostra larghezza di banda limitata come esseri umani significa che tutto ciò che facciamo deve essere automatizzato.”
“È per questo che abbiamo bisogno di una così elevata quantità di potenza di calcolo ed è il motivo per cui stiamo rendendo i dati disponibili nel cloud di AWS. Abbiamo bisogno del maggior numero possibile di cervelli che lavorino su di esso in parallelo, al fine di raccoglierne i frutti.”
“Stiamo attivamente utilizzando questi dati per la scoperta di nuovi farmaci”, continua Bowman. “Abbiamo prodotti fase di test e speriamo di sviluppare un nuovo studio clinico nei prossimi sei mesi. Abbiamo dato il via a questo progetto per rispondere ad alcune domande di ricerca di base, e la risposta finora ha completamente superato le nostre aspettative.”
Per donare la propria potenza di calcolo per la lotta al COVID-19, visitare il sito Folding@home.
Registro degli Open Data AWS
Folding@home è solo uno dei numerosi set di dati messi a disposizione nel cloud tramite l’AWS Open Data Sponsorship Program, che copre il costo di archiviazione per set di dati di alto valore per la comunità scientifica.
Il programma mira a democratizzare l’accesso ai dati rendendoli disponibili per l’analisi su AWS, a sviluppare nuove tecniche, formati e strumenti cloud – native che riducano il costo del lavoro con i dati e a incoraggiare lo sviluppo di comunità che beneficiano dell’accesso a set di dati condivisi.
Per saperne di più su come AWS supporti il progetto Folding@home visita:
AWS is supporting the Folding@home project.
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Cos’è un progetto di calcolo massivamente distribuito?
Nei progetti di calcolo massivamente distribuiti gli individui possono prestare la propria potenza di calcolo di riserva per una specifica iniziativa. Questo, solitamente aiuta a generare un numero enorme di calcoli o simulazioni necessarie per risolvere un problema complesso. Folding@home, ad esempio, utilizza simulazioni al computer per capire i movimenti delle proteine implicate in una varietà di malattie, tra cui Covid-19.
Che cos’è un computer exascale?
I computer più veloci di oggi sono in grado di fare un quadriglione – o 1.000.000.000.000 – calcoli al secondo. Per dare un’idea della vastità di questi calcoli, ci sono quadriglioni di insetti sulla terra. Si stima che superino il numero di esseri umani (tutti e sette i miliardi) con un rapporto di 200 milioni a uno. Ma anche questo tipo di potenza di calcolo è nulla in confronto ai supercomputer su vasta scala, che possono fare un quintilione, o 1.000.000.000.000.000 di calcoli al secondo. E questi si che sono tantissimi insetti.
Quanti dati genera Folding@home?
Ad oggi, Folding@home ha prodotto più di 100.000 volte di dati sul virus da COVID-19 rispetto a quelli creati tipicamente per altri studi di simulazione. Prima che Folding@home rendesse questi dati disponibili sul Registro degli Open Data di AWS, accedervi era incredibilmente dispendioso e complesso, viste le dimensioni dei file. Spesso tutto ciò richiedeva l’invio di hard disk fisici per condividere un set di dati. Grazie al cloud, tutte le parti interessate possono accedere alle informazioni e scaricarle più rapidamente, su richiesta.
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